Rzecznik Praw Obywatelskich uważa, że obowiązek trwałego znakowania oraz tworzenia specjalnego rejestru psów nie mieści się w granicach umocowania ustawowego. Zastrzeżenia te jego zdaniem odnoszą się także do zobowiązania właścicieli psów do zgłaszania wszelkich zmian o stanie posiadania psa. Dodatkowo, wprowadzenie takiego wymogu oznacza w praktyce zmuszanie obywateli do udostępnienia swoich danych osobowych bez podstawy prawnej.

Gmina może jedynie propagować system identyfikacji elektronicznej, lecz nie może nakładać takie obowiązku i nie może karać mandatami osób, które się do niego nie zastosują. Uchwały rad miejskich z Wrocławia, Gdańska, Wodzisławia i innych miast zostały zaskarżone i wygrane przez RPO.

W ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich akty prawa miejscowego nakładające na właścicieli psów obowiązek ich trwałego znakowania poprzez wszczepianie mikroczipów, tworzenie zbiorów danych osobowych właścicieli tych zwierząt oraz obowiązek rejestracji i zgłaszania zmian stanu prawnego nie tylko nie znajdują podstaw w obowiązującym porządku prawnym, lecz przede wszystkim pozostają w sprzeczności z art. 2, 7 i 94 oraz 51 ust. 1 i 2 Konstytucji RP, art. 40 ust. 1 ustawy z dnia 8 marca 1990 roku o samorządzie gminnym (t.j. Dz. U. z 2001 r., Nr 142, poz. 1591 ze zm.), art. 3 usL 2 pkt 13 i 14 oraz art. 4 ust. 2 pkt 6 ustawy z dnia 13 września 1996 roku o utrzymaniu czystości i porządku w gminach (t.j. Dz. U. z 2012 roku, poz. 391 ze zm.)oraz art. 11 a ust. 3 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 roku o ochronie zwierząt (t.j. Dz. U. z 2003, Nr 106, poz. 1002 ze zm.).
Rzecznik Praw Obywatelskich wnosił do następujących Wojewódzkich Sądów Administracyjnych skargi na uchwały rad gmin ustanawiające wyżej wymienione obowiązki: w Gdańsku (sygn. akt II SA/Gd 476/11 oraz sygn. akt II OSK 2599/2011), Szczecinie (sygn. akt II SA/Sz 767/06), Gliwicach (sygn. akt II SA/Gl 368/11) i we Wrocławiu (sygn. II SA/Wr 365/06).
W każdej ze skarg wniesionych przez Rzecznika sądy administracyjne orzekły o nieważności uchwał w przedmiotowym zakresie, w pełni podzielając stanowisko RPa.

Zasygnalizować wypada,że orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego zostają aktualne mimo nowelizacji ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 roku o ochronie zwierząt i wprowadzenia art. 11 a ust. 3 który przewiduje jedynie możliwość przyjęcie planu (a nie obowiązku) znakowania zwierząt w gminie.

W świetle powyższego nic nie stoi na przeszkodzie, aby poszczególne gminy wprowadzały dobrowolne plany znakowania psów i pokrywały ich koszty. W niektórych gminach właściciele oznakowanych psów są zwolnieni z podatku od ich posiadania. Gmina nie może jednakże nakazać znakowania psów.